Per februari 2006 is de thema-indeling van Transumo gewijzigd in de volgende thema-indeling:

• Bestuurlijke processen: Participatieve bestuurlijke processen in personenmobiliteit en goederenvervoer.
• Collectief vervoer: Klantgericht collectief vervoer.
• Ketenintegratie: Logistieke ketenintegratie.
• Netwerkintegratie: Geïntegreerde logistieke netwerken.
• Ruimte: Afstemming ruimtelijke ontwikkeling en bereikbaarheid.
• Verkeersmanagement: Integraal infrastructuur- en verkeersmanagement.
• Zelfsturing: Zelfsturing door prijs en andere incentives in het personenvervoer.

De ontwikkelde innovaties worden in proeftuinen uitgetest. Transumo denkt daarbij aan proeftuinen rond de mainports, in belangrijke vervoerscorridors, rond grote vervoersknooppunten en in (stads)regio’s waar overheden nu al concreet samenwerken op mobiliteitsgebied.